【python开发技术】【医学图像处理】MedPy 源码在windows上编译安装说明

MedPy介绍

MedPy是一个python库，支持一系列医学图像处理操作，提供了读、写和操作任意维度大图的基本功能，包括一些n-维度常用的图像滤波器，图像特征提取器，可与scikit-learn一起使用，以及详尽的n维graph-cut程序包。

支持的医学图像格式

MedPy集成了SimpleITK来支持ITK的功能进行图像加载和存储。因此，可支持以下医学图像格式（关于医学图像格式可以参考Here）：

• ITK MetaImage (.mha/.raw, .mhd)
• Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI) (.nia, .nii, .nii.gz, .hdr, .img, .img.gz)
• Analyze (plain, SPM99, SPM2) (.hdr/.img, .img.gz)
• Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM) (.dcm, .dicom)
• Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM) series (/)
• Nearly Raw Raster Data (Nrrd) (.nrrd, .nhdr)
• Medical Imaging NetCDF (MINC) (.mnc, .MNC)
• Guys Image Processing Lab (GIPL) (.gipl, .gipl.gz)

支持的显微镜图像格式

• Medical Research Council (MRC) (.mrc, .rec)
• Bio-Rad (.pic, .PIC
• LSM (Zeiss) microscopy images (.tif, .TIF, .tiff, .TIFF, .lsm, .LSM)
• Stimulate / Signal Data (SDT) (.sdt)

可视化格式

• TK images (.vtk)

其它格式

• Portable Network Graphics (PNG) (.png, .PNG)
• Joint Photographic Experts Group (JPEG) (.jpg, .JPG, .jpeg, .JPEG)
• Tagged Image File Format (TIFF) (.tif, .TIF, .tiff, .TIFF)
• Windows bitmap (.bmp, .BMP)
• Hierarchical Data Format (HDF5) (.h5 , .hdf5 , .he5)
• MSX-DOS Screen-x (.ge4, .ge5)

安装方式

直接采用 pip install medpy 即可实现安装，但是这样的方式安装的medpy不支持graph-cut，主要原因是graph-cut是集成在max-flow之上，而max-flow则是需要进行编译安装的，因此，这种方式安装的medpy在执行如下命令时会出现：

在windows上，maxflow是基于boost.python进行封装的，依赖boost.python环境。因此，正确的安装方式可以参考如下步骤：

• step 1： 下载boost库，并使能python，在stage/lib目录下得到对应的boost_python36-vc141-mt-x64-1_72.lib/dll

  b2.exe –with-python link=shared

• step 2: 下载medpy源码，修改setup.py，配置对应的include路径、library路径，开始安装

    # 修改 setpu.py 中的 maxflow 为如下

    maxflow = Extension('medpy.graphcut.maxflow',
                        define_macros = [('MAJOR_VERSION', '0'),
                                        ('MINOR_VERSION', '1')],
                        sources = ['lib/maxflow/src/maxflow.cpp', 'lib/maxflow/src/wrapper.cpp', 'lib/maxflow/src/graph.cpp'],
                        libraries = [],
                        include_dirs = ["D:\\boost_1_72_0"],
                        library_dirs = ["D:\\boost_1_72_0\\stage\\lib"],
                        extra_compile_args = ["/MD"])

    python setup.py install 

    # 会自动编译并生成对应python版本的pyd库：build\lib.win-amd64-3.6\medpy\graphcut\maxflow.cp36-win_amd64.pyd

• step 3: 修改环境变量PATH，能够指向maxflow.cp36-win_amd64.pyd所依赖的boost.python动态库：boost_python36-vc141-mt-x64-1_72.dll

• step 4: 测试：medpy/bin以及medpy/notebooks中有大量demos 可以参考。

大功告成！

Repo

2020-04-05